Un Raport Special privind gestionarea proiectelor PHARE in Romania si Bulgaria in perioada 2000-2004 a fost prezentat, marti 20iunie 2006, la Bruxelles, de un reprezentant al Curtii Europene de Conturi, in fata Comitetului pentru Control Bugetar din Parlamentul European.
La momentul auditului, Curtea Europeana de Conturi a constatat ca peste jumatate din proiectele de investitii selectate pentru evaluare nu au fost, sau au fost partial utilizate in scopul propus.
Curtea Europeana de Conturi a criticat, totodata, Comisia Europeana – cea care are raspunderea pentru managementul general al programelor PHARE – pentru faptul ca a supraestimat capacitatea autoritatilor publice romane si bulgare de a gestiona proiectele PHARE, acceptand deseori obiective si date limite prea ambitioase. Curtea de Conturi a recomandat, in consecinta, Comisiei sa adopte o abordare mai realistica in ce priveste aplicarea proiectelor PHARE in cele doua tari.
Curtea Europeana de Conturi considera ca autoritatile nationale ar trebui sa inregistreze in continuare eforturi substantiale pentru a finaliza proiectele si pentru a atinge obiectivele stabilite.