In cadrul Programului URBACT II, beneficiarii sunt incurajati sa includa Autoritatile de Management ale programelor nationale relevante pentru domeniul proiectului (ex. in cadrul unui proiect URBACT II din domeniu social, Autoritatea de Management nationala relevanta este Autoritatea de Management pentru Programul Operational Structural Dezvoltarea Resurselor Umane, iar in cadrul unui proiect URBACT II care vizeaza regenerarea urbana, Autoritatea de Management nationala relevanta este Autoritatea de Management pentru Programul Operational Regional) sa participe alaturi de ei, in cadrul operatiunilor desfasurate, in vederea maximizarii impactului Programului URBACT II asupra politicilor locale si regionale europene si asigurarii continuitatii rezultatelor proiectelor URBACT II in cadrul programelor Obiectivului de Convergenta.
Autoritatile de Management ale programelor nationale relevante participa in proiectele URBACT II in calitate de parteneri asociati beneficiarilor, doar dupa ce semneaza o scrisoare de angajament in acest sens. Participarea acestora la toate activitatile proiectului (seminarii, ateliere de lucru, conferinte etc.) este finantata 100% din Programul URBACT II.
In prezent, mai mult de 200 de Autoritati de Management sunt asociate partenerilor Programului URBACT II in cadrul a 27 de proiecte (21 retele tematice si 6 grupuri de lucru).
In Romania, pana in prezent, sunt implicate (direct sau prin Organismele Intermediare) in proiecte URBACT II: Autoritatea de Management pentru Programul Operational Regional, Autoritatea de Management pentru Programul Operational Sectorial de Mediu si Autoritatea de Management pentru Programul Operational Sectorial Cresterea Competitivitatii Economice.